Le service de gynécologie-obstétrique de l’hôpital de la Croix-Rousse assure la prise en charge de la grossesse, dans une maternité hautement sécurisée (de niveau III) ainsi que la prise en charge de toutes les pathologies gynécologiques et mammaires, cancéreuses ou non. 

Le service de néphrologie de l'hôpital Edouard Herriot prend en charge l'ensemble des maladies rénales, du dépistage à leur prise en charge spécifique.

Le service de dermatologie de l’hôpital Edouard Herriot traite les pathologies inflammatoires et auto-immunes de la peau et de ses annexes (poils, cheveux, ongles, glandes sébacées et sudorales). Il prend en charge chirurgicalement, en ambulatoire, les cancers cutanés et les atteintes des ongles. Il propose un accès à la dermatologie esthétique

Le service universitaire de chirurgie orthopédique de la main et du membre supérieur de l'hôpital Edouard Herriot est le service référent des Hospices Civils de Lyon dans la prise en charge de toutes les pathologies de la main (SOS main), du poignet, du coude et de l'épaule d’origines traumatiques ou non, aigües ou chroniques.

Le centre d’addictologie de l'hôpital de la Croix-Rousse regroupe cinq offres de soins en addictologie axées sur une prise en charge pluridisciplinaire : médicale, infirmière, psychologique et sociale.

Le Centre Régional du Psychotraumatisme Auvergne-Rhône-Alpes (CRP) est un dispositif visant à faciliter la prise en charge des personnes souffrant d’un trouble de stress post-traumatique.

Le service de médecine du sommeil et des maladies respiratoires peut accueillir jusqu’à 20 patients quotidiennement, pour la prise en charge des troubles du sommeil et de l'insuffisance respiratoire chronique, en particulier dans le cadre de maladies neuromusculaires.

L’hôpital Pierre Garraud offre un hébergement médicalisé de 305 lits de médecine du vieillissement - soins de longue durée, dont 18 lits spécialisés :
- 10 lits d’Unité d’Hébergement Renforcée (UHR) à destination des personnes atteintes de maladie d’Alzheimer ou apparentées présentant des troubles perturbateurs du comportement.

Le service d’anesthésie-réanimation de l’hôpital Louis Pradel intervient lors des 5 000 interventions chirurgicales et procédures invasives réalisées chaque année par les chirurgiens, les cardiologues et les pneumologues de l’établissement.

Le département médico-chirurgical de cardiologie congénitale, fœtale, pédiatrique et adulte assure la prise en charge médicale et chirurgicale des pathologies cardiaques congénitales chez l’adulte et l’enfant.

Le service universitaire d’addictologie de Lyon regroupe les unités d’addictologie des HCL et du Centre Hospitalier Le Vinatier.

Le plateau d’urgences cardiologiques reçoit tout patient atteint d'une pathologie cardiaque ou vasculaire, qui requiert des soins urgents spécialisés.

Le service des explorations fonctionnelles cardiovasculaires de l'hôpital Louis Pradel est un plateau d'exploration incluant trois unités accessibles pour des examens ambulatoires (examens diagnostiques ou de recours) ou réalisés dans le cadre d'hôpitaux de jour ou d'hospitalisation conventionnelle.

Le service de médecine nucléaire réalise des examens d'imagerie utilisant des radiopharmaceutiques (molécules marquées par un isotope radioactif) à des fins diagnostiques (imagerie) ou thérapeutiques. Ces molécules tracent une fonction physiologique (cœur, rein, poumon,..) ou une pathologie (par ex oncologique) sans interférer avec le métabolisme observé, d'où leur nom de traceurs. 

Le service de cardiologie médicale de l'hôpital Louis Pradel est composé de 3 unités médicales et gère les maladies cardiovasculaires. Elles concentrent une expérience de haut niveau clinique et scientifique.

L’activité d’urgence psychiatrique est organisée afin de répondre au mieux aux situations d’urgences (état d’agitation, troubles psychotiques, décompensation d’une pathologie psychiatrique, crises suicidaires …), pour permettre une prise en charge initiale, une orientation adéquate et/ou un traitement de courte durée des situations de crises au sein de l’unité d’hospitalisation.

Le service des urgences de l’hôpital de la Croix-Rousse est composé d’un Service d’Accueil des Urgences (SAU) assurant la prise en charge de toute pathologie aiguë médicale et traumatologique simple, 24/24h et 7/7 jours, et d’un service d’hospitalisation (Unité d’Hospitalisation de Courte Durée - UHCD). Il contribue également au fonctionnement du service de Médecine Post-Urgences (MPU).

Le service de transplantation, néphrologie et immunologie clinique de l’hôpital Edouard Herriot est un service dévolu à tous les aspects médicaux de la transplantation rénale et pancréatique. Il prend aussi en charge les patients greffés de tissus composites aux HCL.

Le service de médecine intensive - réanimation (MIR) de l'hôpital Edouard Herriot accueille, en fonction de leur gravité, tout type de patients en détresse vitale ou nécessitant des soins rapprochés.

Le service d'ORL, de chirurgie plastique de la face et d’audiophonologie de l'hôpital Edouard Herriot comporte plusieurs axes de sur-spécialisation en termes de traitement, de recherche et d'enseignement : la chirurgie de l'oreille sourde ou malformée, la chirurgie fonctionnelle et esthétique de la face et plus spécialement du nez, la chirurgie de la face paralysée, la chirurgie endoscopique mi

Le service d’ophtalmologie de l’hôpital Edouard Herriot est le service des urgences ophtalmologiques de Lyon et de sa région.

Le service de néonatologie de l’hôpital de la Croix-Rousse s’est spécialisé dans la prise en charge des enfants extrêmement prématurés (< 1000 g) et a développé le traitement par hypothermie thérapeutique chez les enfants à terme présentant une anoxo-ischémie périnatale sévère.

Le service de médecine interne de l’hôpital de la Croix-Rousse prend en charge les maladies systémiques (maladies auto-immunes ou inflammatoires touchant plusieurs organes) et les patients souffrant de symptômes inexpliqués. 

Le service de médecine interne de l'hôpital Edouard Herriot prend en charge les patients atteints de pathologies auto-immunes systémiques, de maladies vasculaires artérielles ou veineuses, fréquentes ou rares.

Le service prend en charge toutes les pathologies médicales aigues du sujet âgé et propose une offre de soins variée et adaptée aux spécificités de la personne âgée.

Le service est composé de plusieurs entités qui permettent de prendre en charge les personnes âgées nécessitant des soins aigus mais également de rééducation suite à une intervention chirurgicale ou un traitement médical ou encore un hébergement médicalisé si le retour à domicile s’avère impossible.

Le service prends en charge les personnes âgées nécessitant des soins aigus mais également de rééducation, suite à une intervention chirurgicale ou un traitement médical, ou encore un hébergement médicalisé si le retour à domicile s’avère impossible.

Le service des maladies infectieuses et tropicales est spécialisé dans le diagnostic et la prise en charge de toutes les pathologies infectieuses d’origine bactérienne, virale, fongique ou parasitaire, ainsi que les pathologies liées aux voyages (prévention et pathologies du retour).