Dans le cadre du plan maladies neurodégénératives 2014-2019, le service de neurologie - sclérose en plaques, pathologies de la myéline et neuro-inflammation de l'hôpital Pierre Wertheimer a été labellisé Centre de Recherche, Ressources et Compétences Sclérose En Plaques (C2RC SEP) en 2018.

Le centre expert Parkinson de Lyon assure la prise en charge à tous les stades et pour tous les traitements (médicamenteux, pompes, chirurgies) des patients parkinsoniens de la région Auvergne Rhône-Alpes et au-delà.

Le département médico-chirurgical de cardiologie congénitale, fœtale, pédiatrique et adulte assure la prise en charge médicale et chirurgicale des pathologies cardiaques congénitales chez l’adulte et l’enfant.

L'offre de soins en uro-gynécologie (traitement de l’incontinence urinaire et du prolapsus) est réalisée en collaboration entre urologues et gynécologues, grâce à un plateau technique multidisciplinaire adapté à la réalisation de bilans urodynamiques.

Le Centre mémoire ressource recherche (CMRR) organise les quatre consultations « mémoire » du CHU, structure le parcours de soins pour le diagnostic, la prise en soins en collaboration avec les médecins de ville.

Les syndromes neurologiques paranéoplasiques (SNP) et les encéphalites autoimmunes (EA) sont des maladies rares.

Le centre d’addictologie de l'hôpital de la Croix-Rousse regroupe cinq offres de soins en addictologie axées sur une prise en charge pluridisciplinaire : médicale, infirmière, psychologique et sociale.

Le CeGIDD est le centre de dépistage du VIH, des hépatites et des infections sexuellement transmissibles (IST). Il assure des consultations de dépistage, la prise en charge des accidents d’expositions au VIH, le traitement des IST et la prise en charge de la prophylaxie pré-exposition du VIH (PrEP).

Le centre de référence est labellisé pour l’expertise et la prise en charge des maladies inflammatoires rares du cerveau et de la moelle (MIRCEM).

Le centre d’évaluation et de traitement de la douleur prend en charge les douleurs chroniques réfractaires aux traitements habituels pouvant être proposés dans d’autres centres. 

Le centre de référence des maladies pulmonaires rares (adulte) a été créé en novembre 2004. Sa thématique comporte une quinzaine de groupes de maladies pulmonaires rares.

Le centre de référence des infections ostéoarticulaires complexes (CRIOAc) est composé d’équipes pluridisciplinaires expérimentées comportant des chirurgiens, des infectiologues, des microbiologistes, mais aussi des anesthésistes, pharmaciens, médecins rééducateurs, kinésithérapeutes, et psychologues dédiées à la prise en charge des infections ostéoarticulaires.

Le centre constitutif CRMR HYPO de Lyon, coordonné par le Pr Gerald Raverot est un des 3 centres constitutifs du CRMR hypophysaire coordonné par le Pr Thierry BRUE à Marseille.

Le centre référent pour l’anorexie et les troubles du comportement alimentaire de Lyon a été mis en place en janvier 2016 par l’ARS Rhône-Alpes, afin d’améliorer la prise en charge et le parcours de soin des patients adultes et mineurs présentant un trouble du comportement alimentaire.

Le service d'insuffisance cardiaque propose une prise en charge experte et pluridisciplinaire intégrée dans un parcours de soin structuré et personnalisé qui s’articule autour de la collaboration entre différents professionnels : médecin traitant, médecin spécialiste, gériatre, kinésithérapeute, diététicienne… Un programme d’éducation thérapeutique accompagne chaque patient dans la compréhensio

Le plateau d’urgences cardiologiques reçoit tout patient atteint d'une pathologie cardiaque ou vasculaire, qui requiert des soins urgents spécialisés.

Le service de médecine du sommeil et des maladies respiratoires peut accueillir jusqu’à 20 patients quotidiennement, pour la prise en charge des troubles du sommeil et de l'insuffisance respiratoire chronique, en particulier dans le cadre de maladies neuromusculaires.

Les urgences de l’hôpital de la Croix-Rousse prennent en charge 24h/24, toutes les pathologies médicales ou traumatiques simples, pouvant éventuellement nécessiter un bilan hospitalier de quelques jours pour avis spécialisé ou examens complémentaires.

Le service d’ophtalmologie de l’hôpital de la Croix-Rousse est un service hospitalo-universitaire prenant en charge les patients adultes souffrant de maladies oculaires. Il est le seul, au sein des HCL, à proposer une prise en charge des patients présentant une pathologie cancérologique oculaire, à la fois sur le plan diagnostique (centre de référence national) et thérapeutique.

Le service prend en charge les patients adultes dont la situation relève de la chirurgie cardio-thoracique et vasculaire. Ses interventions concernent essentiellement des remplacements ou des réparations de valves cardiaques (aortiques, mitrales, tricuspides), la chirurgie des troubles du rythme (fibrillation auriculaire…), les pontages coronariens, la chirurgie des gros vaisseaux et des chirur

L’hôpital Pierre Garraud offre un hébergement médicalisé de 305 lits de médecine du vieillissement - soins de longue durée, dont 18 lits spécialisés :
- 10 lits d’Unité d’Hébergement Renforcée (UHR) à destination des personnes atteintes de maladie d’Alzheimer ou apparentées présentant des troubles perturbateurs du comportement.

Au sein de l’hôpital neurologique Pierre Wertheimer qui regroupe les équipes et expertises les plus en pointe en matière de neurologie et neurochirurgie, le service prend en charge l’ensemble des pathologies du rachis et de la moelle épinière de l'adulte.

Le service de neuro-psychiatrie a pour missions l'évaluation et la prise en charge des patients hospitalisés ou consultants à l'hôpital Pierre Wertheimer et souffrant de difficultés psychiatriques ou psychologiques en lien, ou antérieures, à leur maladie.

Le service fait partie du centre mémoire ressource recherche (CMRR) de Lyon et assure dans ce cadre une consultation mémoire dédiée au diagnostic et à la prise en charge de patients avec maladie d’Alzheimer ou apparentées, et de manière plus générale aux troubles cognitifs d’origine neurobiologique.

Le service de neurologie vasculaire est dédié à la prise en charge, en urgence, des accidents vasculaires cérébraux (AVC) et des accidents ischémiques transitoires (AIT).

Le service de neuro-oncologie s’intéresse à la prise en charge des tumeurs cérébrales et aux complications neurologiques des cancers systémiques. Il est également Centre de référence national des syndromes neurologiques paranéoplasiques et des encéphalites auto-immunes.

Le service de neurologie fonctionnelle et d’épileptologie est spécialisé dans la prise en charge des patients souffrant d’épilepsie et dans les explorations fonctionnelles du cerveau et de la moelle épinière via la réalisation d’électroencéphalogrammes et de potentiels évoqués.

Le service réunit les expertises relatives à deux spécialités : la prise en charge des troubles neurocognitifs et les troubles de la vision d’origine neurologique.