Le service de chirurgie orthopédique et urgences traumatologiques de l’hôpital Edouard Herriot prend en charge les affections dégénératives (arthrose), les affections liées à la pathologie sportive, les séquelles de traumatisme (chirurgie reconstructrice secondaire) et les pathologies infectieuses et tumorales osseuses des membres inférieurs.
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Le service est spécialisé dans le dépistage, le diagnostic et la prise en charge des troubles de l'audition et de l'équilibre. Il prend en charge les patients de tous âges souffrant de baisse de l'audition, de vertiges ou d'acouphènes.
Le service de rhumatologie et pathologie osseuse de l'hôpital Edouard Herriot prend en charge les maladies des os et des articulations (rhumatismes inflammatoires, ostéoporose, arthrose, tumeurs, maladies osseuses rares, affections de la colonne vertébrale...).
Le service de médecine légale comprend l’institut de médecine légale (IML) et deux unités de médecine légale du vivant : les unités médico-judiciaires (UMJ) majeurs et mineurs.
Le service de dermatologie de l’hôpital Edouard Herriot traite les pathologies inflammatoires et auto-immunes de la peau et de ses annexes (poils, cheveux, ongles, glandes sébacées et sudorales). Il prend en charge chirurgicalement, en ambulatoire, les cancers cutanés et les atteintes des ongles. Il propose un accès à la dermatologie esthétique
Le service de transplantation, néphrologie et immunologie clinique de l’hôpital Edouard Herriot est un service dévolu à tous les aspects médicaux de la transplantation rénale et pancréatique. Il prend aussi en charge les patients greffés de tissus composites aux HCL.
L'Institut des agents infectieux (Centre de Biologie Nord, Laboratoire de biologie médicale et de pathologie) héberge 4 centres nationaux de référence, experts dans la microbiologie des maladies infectieuses.
Le service d’ORL et de chirurgie du cou et de la face de l'hôpital de Lyon Croix-Rousse prend en charge toutes les pathologies médicales de la gorge, du nez et des oreilles.