Le service d’anesthésie et de réanimation de l’hôpital Edouard Herriot assure la continuité des soins avec des services opérationnels  24 heures/24, 7 jours/7.

Le service d’anesthésie-réanimation de l’hôpital de la Croix-Rousse assure trois missions :

Le service de neurochirurgie fonctionnelle des HCL est un service pionnier dans le traitement des dysfonctions neuronales ainsi que des pathologies de la moelle et des nerfs. Il a mis au point et développé de nombreuses techniques chirurgicales pour prendre en charge ces maladies complexes.

Le service de médecine palliative accueille les patients atteints de cancer, de polypathologie ou d’insuffisance d’organes afin d’améliorer leur qualité de vie et celle de leurs aidants, grâce à une équipe interdisciplinaire organisée sur 2 sites : à l'hôpital Lyon Sud et à l'hôpital de la Croix-Rousse. 

Le service universitaire d’ORL, de chirurgie plastique de la face et d’audiophonologie de l’hôpital Édouard Herriot est une référence régionale et nationale dans la prise en charge des pathologies ORL et cervico-faciales.

Le service de chirurgie gynécologique et cancérologique - obstétrique de l'hôpital Lyon Sud prend en charge toutes les pathologies gynécologiques et mammaires, cancéreuses ou bénignes comme l'endométriose notamment.

Le CRMR DEV-GEN de Lyon, coordonné par le Dr Patricia Bretones est un des 4 centres constitutifs du réseau DEV-GEN, coordonné par le Pr Françoise Paris à Montpellier. Labellisé par le Ministère de la Santé 2006 et relabellisé depuis, ses missions sont la coordination, l’expertise, le recours, la recherche, l’enseignement et la formation.

Dans le cadre du premier plan maladies rares, le centre de référence national des anomalies du développement et syndromes malformatifs de Lyon a été labellisé en 2007 au sein du service de génétique du CHU de Lyon. Il s'agit d'un centre multisites incluant les sites de Lyon (site coordonnateur), Grenoble, Saint-Etienne et Clermont-Ferrand.

Le centre d’évaluation et de traitement de la douleur prend en charge les douleurs chroniques réfractaires aux traitements habituels pouvant être proposés dans d’autres centres. 

Le centre des épilepsies rares (CRéER Lyon) prend en charge l'ensemble des épilepsies rares (moins d’une personne sur 2 000) : syndromiques, d’origine génétique, métabolique, structurelle ou dysimmunitaire.

L’unité de chirurgie et médecine orales (UCMO) propose une offre de prise en charge spécialisée pour des patients issus du secteur libéral ou hospitalier dont le traitement buccodentaire nécessite des compétences spécifiques et/ou un plateau technique particulier.

La mission du centre de référence des maladies neuromusculaires PACA - Réunion - Rhône Alpes a pour mission d'améliorer le diagnostic et la prise en soins des enfants et adultes atteints de maladies neuromusculaires.

Les soins palliatifs sont destinés aux patients atteints de maladies graves et incurables, en phase évolutive et/ou terminale (cancers, insuffisances d’organes, maladies neurodégénératives, pathologies cardiovasculaires…). Les soins sont centrés sur la personne et son entourage dans une approche globale et pluridisciplinaire.

Le service de neurologie clinique et fonctionnelle de l'hôpital Lyon Sud propose, sur adressage d’un médecin : des consultations de neurologie, des actes de neurophysiologie clinique ambulatoires, une hospitalisation de jour.

Le cancer chez l’enfant est une maladie rare qui représente moins de 3 % de l’ensemble des cancers. Pour leur offrir la meilleure prise en charge par des experts reconnus dans des conditions optimales, les enfants sont soignés au sein d’un bâtiment spécialisé, l’Institut d’Hématologie et d’Oncologie Pédiatrique.

Le service d’hépato-gastroentérologie de l’hôpital Edouard Herriot est historiquement un service pionnier dans les spécialités embrassant l’ensemble de la discipline. Reconnu au niveau national et international pour la qualité de ses travaux, les médecins proposent une offre complète et d’excellence.

Le service de génétique des HCL est composé d'une unité médicale de génétique clinique et de trois unités médicales biologiques.

Le service d'explorations fonctionnelles digestives de l'hôpital Edouard Herriot propose des consultations spécialisées pour l'exploration et la prise en charge des troubles du fonctionnement de l’appareil digestif.

Le service d’anesthésie-réanimation de l’hôpital Pierre Wertheimer intervient dans la prise en charge des urgences neurologiques et lors des 4 500 interventions réalisées chaque année par les chirurgiens et les radiologues de l’établissement. Elle prend en charge plus de 1 600 séjours/an de réanimation ou de soins post-interventionnels.

Le centre des déficiences intellectuelles et polyhandicaps de causes rares a pour mission d'améliorer la prise en charge des enfants et adultes atteints de polyhandicap et de promouvoir la formation et la recherche dans ce domaine.

Le centre des maladies rares du métabolisme du calcium et du phosphate (CaP) - Centre de référence constitutif (CRMR) est pluri-disciplinaire et prend en charge les enfants et les adultes atteints d’anomalies de la régulation de la calcémie (hyper ou hypocalcémie, hyper ou hypoparathyroidie, etc.) et/ou de la phosphatémie (rachitisme hypophosphatémique, calcinose tumorale, etc.).

Le centre des maladies rénales rares de la Réunion et du Grand-Est (MaReGe) est dédié à la prise en charge des maladies rénales rares de l’enfant et de l’adulte permettant ainsi une prise en charge globale et une transition enfant‑adulte optimisée.

Le centre des polyposes digestives génétiques de l'adulte (PolDiGenA) est un centre d’expertise spécialisé dans la prise en charge des polyposes digestives de l’adulte liées à un terrain génétique. Il a été labellisé dans le cadre du Plan National Maladies Rares en décembre 2023.

La maternité de l'hôpital de la Croix-Rousse dispose d’une équipe pluridisciplinaire de diagnostic prénatal. Le diagnostic anténatal vise à confirmer ou non la présence d’une pathologie pouvant avoir un impact sur la santé du bébé et sa prise en charge.

Le centre de référence a été labellisé pour l’expertise et la prise en charge des craniosténoses et autres malformations craniofaciales.