Le service de pneumologie de l'hôpital Lyon Sud prend en charge les pathologies respiratoires avec une expertise dans la cancérologie thoracique, l’insuffisance respiratoire chronique, stable et décompensée.

Le service d’ORL assure la prise en charge diagnostique et le traitement médical ou chirurgical des affections touchant les oreilles, le nez, les sinus, le larynx, la gorge, la face, le cou. Cette prise en charge associe des praticiens ORL spécialisés dans certains domaines.

Le service de neurologie clinique et fonctionnelle de l'hôpital Lyon Sud propose, sur adressage d’un médecin : des consultations de neurologie, des actes de neurophysiologie clinique ambulatoires, une hospitalisation de jour.

Le service d’hépato-gastro-entérologie et assistance nutritionnelle de l'hôpital Lyon Sud prend en charge l’ensemble des maladies du tube digestif, du foie, des voies biliaires, du pancréas, de l'anus et tous les cancers digestifs ; les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI), avec une expertise reconnue en France ; les maladies dysimmunitaires du tube digestif, et plus globalem

Le service de néphrologie de l'hôpital Edouard Herriot prend en charge l'ensemble des maladies rénales, du dépistage à leur prise en charge spécifique.

Le service d’anesthésie-réanimation de l'hôpital Lyon Sud participe au service public de soins en hospitalisation programmée, en ambulatoire (le patient est hospitalisé le matin et sort le soir même après sa chirurgie), en urgence.

Le service traite l’ensemble des affections des reins et les affections associées à la maladie rénale chronique. Il assure l’information et la préparation aux traitements de suppléance rénale, ainsi que les traitements par dialyse et le suivi des patients greffés de rein.

Le service universitaire d’addictologie de Lyon regroupe les unités d’addictologie des HCL et du Centre Hospitalier Le Vinatier.

Le CeGIDD prend en charge le dépistage du VIH, des hépatites et des infections sexuellement transmissibles (IST). Il assure des consultations de dépistage, la prise en charge médicale des IST et des partenaires d’une personne dépistée positive. La prise en charge des accidents d’expositions sexuelles au VIH, et la prise en charge de la prophylaxie pré-exposition du VIH (PrEP).

Le Centre régional de pathologie professionnelle et environnementale rassemble 4 unités situées au sein des CHU de Lyon, Grenoble, Saint Etienne et Clermont-Ferrand. Il assure, sur chacun des sites, une expertise sur les champs de la santé au travail et de la santé en lien avec l’environnement.

Le Centre Régional du Psychotraumatisme Auvergne-Rhône-Alpes (CRP) est un dispositif visant à faciliter la prise en charge des personnes souffrant d’un trouble de stress post-traumatique.