Le service de chirurgie digestive et de transplantation hépatique prend en charge les maladies et les cancers du tube digestif (œsophage, estomac, colon, rectum) et de la sphère hépato-bilio-pancréatique (foie, vésicule biliaire, pancréas). Il offre aux patients une prise en charge multi-disciplinaire (chirurgie, hépatologie, gastroentérologie, endoscopie, radiologie diagnostique et interventionnelle, oncologie, bloc opératoire, réanimation).

Le service de chirurgie digestive de l’hôpital Edouard Herriot traite les pathologies du tube digestif dans son ensemble (chirurgie oeso-gastrique, chirurgie colorectale), l’obésité (chirurgie bariatrique), les pathologies du foie, des voies biliaires et du pancréas (chirurgie hépato biliaire et pancréatique), les tumeurs endocriniennes digestives (chirurgie endocrinienne), les hernies et éventrations (chirurgie pariétale) et les pathologies de l’anus et du rectum (chirurgie proctologique). Le service est certifié pour la prise en charge des tumeurs malignes (chirurgie oncologique) avec une discussion multidisciplinaire de l’ensemble des dossiers.

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Le service assure une prise en charge chirurgicale globale, pour les adultes comme les enfants, couvrant l’ensemble des besoins : de la chirurgie réparatrice post-traumatique ou post-tumorale à la chirurgie esthétique, en passant par le traitement des brûlures graves, la chirurgie d’affirmation de genre et la chirurgie plastique pédiatrique reconstructrice.

Le service de chirurgie orthopédique et traumatologie de l'hôpital Lyon Sud traite les pathologies de l'appareil locomoteur des membres inférieurs (hanche, genou, cheville, pied) et supérieurs (épaule, coude, poignet et main).

Le service des maladies respiratoires accueille des patients atteints de mucoviscidose et des patients insuffisants respiratoires chroniques, dans le cadre d'une prise en charge pluridisciplinaire.

Le service est spécialisé dans le dépistage, le diagnostic et la prise en charge des troubles de l'audition et de l'équilibre. Il prend en charge les patients de tous âges souffrant de baisse de l'audition, de vertiges ou d'acouphènes. 

Le service d’anesthésie et de réanimation de l’hôpital Edouard Herriot assure la continuité des soins avec des services opérationnels  24 heures/24, 7 jours/7.

Le service d’anesthésie-réanimation de l’hôpital de la Croix-Rousse assure trois missions :

• L’anesthésie et le confort lors des interventions chirurgicales, obstétricales et médicales
• La prise en charge de la douleur et du confort péri-interventionnel en soutien des équipes soignantes
• La médecine péri-opératoire et les soins post-interventionnels des patients les plus fragiles

Le service d’anesthésie-réanimation de l’hôpital Pierre Wertheimer intervient dans la prise en charge des urgences neurologiques et lors des 4 500 interventions réalisées chaque année par les chirurgiens et les radiologues de l’établissement. Elle prend en charge plus de 1 600 séjours/an de réanimation ou de soins post-interventionnels.

Le service d’anesthésie-réanimation de l'hôpital Lyon Sud participe au service public de soins en hospitalisation programmée, en ambulatoire (le patient est hospitalisé le matin et sort le soir même après sa chirurgie), en urgence. Les patients peuvent être pris en charge 24 h/24, 7j/7 (soins critiques, réanimation, urgences chirurgicales, femmes enceintes…). Le service est doté des technologies les plus modernes et de thérapeutiques sans cesse actualisées afin d’assurer au mieux ses missions. Les médecins bénéficient de formation continue permettant une actualisation régulière des connaissances.

Le centre de soins dentaires prend en charge toutes les pathologies bucco-dentaires de l’adulte et de l’enfant.

Depuis 1969, l’hôpital Louis Pradel concentre des expertises de pointe dans de nombreuses spécialités : cardiologie, chirurgie cardiovasculaire et thoracique, cardio-pédiatrie médico-chirurgicale, endocrinologie, pneumologie, anesthésie-réanimation et soins critiques.  

L'hôpital Pierre Wertheimer est spécialisé dans la prise en charge des pathologies neurologiques et neurochirurgicales.

Le centre spécialisé de l'obésité des Hospices Civils de Lyon est l'un des 5 centres français de référence pour l'obésité. Il regroupe des structures médicales et chirurgicales des HCL avec pour mission d'améliorer la prise en charge et la connaissance autour de l'obésité de l'adulte et de l'enfant.